Organisasi Kemahasiswaan STT-NF merupakan wahana pengembangan diri mahasiswa yang terhimpun di dalam Kelurga Besar Mahasiswa STT-NF yang disingkat dengan IM STT-NF. Organisasi IM STT-NF ini terdiri dari beberapa kelengkapan, diantaranya:

1. Lembaga Pendukung Kemahasiswaan (LPK) 
2. Dewan Perwakilan Mahasiswa (DPM)
3. Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM)
4. Unit Kegiatan Mahasiswa (UKM)
5. IT Club
6. Softskill Activity

Diharapkan di dalam organisasi IM STT-NF beserta kelengkapan yaitu, dapat menampung kebutuhan, menyalurkan minat, bakat dan kegemaran, meningkatkan kesejahteraan dan sekaligus menjadi wadah kegiatan peningkatan penalaran dan keilmuan serta arah profesi mahasiswa STT-NF.

Pembina Organisasi Kemahasiswaan

Pada dasarnya adalah para Dosen atau tenaga kependidikan di STT-NF yang karena tugas atau jabatannya di STT-NF ditetapkan menangani bidang kemahasiswaan. Dalam hal ini utamanya adalah Wakil Ketua III STT-NF, bidang kemahasiswaan.

Unsur Pendukung Kemahasiswaan

Adalah tenaga administrasi yang ditetapkan oleh pimpinan STT-NF untuk mendukung pelaksanaan kegiatan kemahasiswaan, dalam hal ini adalah Kepala Bidang Kemahasiswaan STT-NF.

Struktur Organisasi Mahasiswa

1. Lembaga Pendukung Kemahasiswaan (LPK)

Lembaga Pendukung Kemahasiswaan adalah Lembaga Formal Pendukung Fungsi Kemahasiswaan di lingkungan Kampus STT NF. Anggota LPK terdiri dari mahasiswa dan alumni.

2. Dewan Permusyawaratan Mahasiswa (DPM)

Dewan Permusyawaratan Mahasiswa adalah Lembaga Kemahasiswaan Tertinggi di dalam IM STT-NF yang merupakan perwakilan dari mahasiswa setiap program studi dan perwakilan mahasiswa yang dipilih. DPM berfungsi sebagai Lembaga Legislatif dan Yudikatif.

3. Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM)

Badan Eksekutif Mahasiswa adalah Organisasi Kemahasiswaan di dalam IM STT-NF sebagai Lembaga Eksekutif Mahasiswa Tertinggi di STT-NF. Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM) STT-NF adalah lembaga yang terdiri dari beberapa mahasiswa yang dipilih secara demokratis oleh mahasiswa lainnya untuk memimpin dan mewakili mahasiswa di dalam kampus maupun di luar kampus. Tugas utama BEM STT-NF adalah mengkoordinasikan dan memfasilitasi kegiatan organisasi mahasiswa lainnya, mengorganisir acara dan kegiatan yang relevan dengan kepentingan mahasiswa, serta memperjuangkan kepentingan mahasiswa di dalam kampus maupun di luar kampus.

4. Unit Kegiatan Mahasiswa (UKM)

Unit Kegiatan Mahasiswa adalah Lembaga Pelaksana dalam satu bidang peminatan di STT-NF yang bergerak di bidang kegiatan di luar akademik, seperti seni dan budaya, olahraga, keagamaan, dan lain sebagainya. yang bertanggungjawab kepada Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM). Terdiri dari:

a. UKM Futsal STT-NF

UKM Futsal STT-NF merupakan salah satu wadah pengembangan bakat dan minat mahasiswa di bidang olahraga, khususnya sepak bola. Adapun kegiatan dari UKM Futsal STT-NF ini berupa latihan rutin, gathering, dan turnamen.

b. UKM Halmahera STT-NF

Halmahera adalah UKM STT-NF yang memfasilitasi minat dan bakat mahasiswa pecinta alam. Program UKM Halmahera STT-NF adalah tafakur alam, tubing, hiking, camping, sosial dan pelatihan dasar survival di alam bebas.

c. LDK SENADA STT-NF

LDK Senada hadir untuk menjadi agent of change beserta da’i untuk memberikan contoh dan membuat perbaikan serta perubahan di lingkungan STT-NF. Dengan adanya LDK Senada STT-NF akan menjadikan lingkungan STT-NF menjadi lingkungan yang memiliki mahasiswa yang berpotensi, memiliki wawasan luas, dan selalu menjalankan ibadahnya dengan baik, serta menjadikan lingkungan STT-NF menjadi lingkungan yang madani.

d. Mentoring

Mentoring merupakan salah satu kegiatan UKM STT-NF yang di dalamnya terdapat proses pembinaan serta pembentukan karakter dan kepribadian islami mahasiswa STT-NF.

e. Gen Quran

Gen Qur’an STT-NF merupakan salah satu UKM di STT-NF untuk mencetak generasi Al Qur’an. Gen Qur’an STT-NF mempunyai visi dan misi, yaitu menjadi UKM yang mampu membangun suasana islami dan mencetak generasi Qur’ani di STT-NF.

f. IT Club Mahasiswa

IT Club STT-NF adalah sebuah komunitas bagi mahasiswa STT-NF yang ingin mengembangkan pengetahuan dan keterampilan seputar teknologi dan informasi. Terdiri dari:

1. IT Club EBEC (E-Commerce & E-Businnes) : wadah peminatan akademis program studi Sistem Informasi, Peminatan Enterprise IS (Sistem Informasi Perusahaan)
2. IT Club MUDENG (Design Grafis dan Multimedia) STT NF :  wadah peminatan akademis program studi Teknik Informatika Peminatan Teknologi Perangkat Lunak
3. IT Club Pemrograman Web STT NF : wadah peminatan akademis program studi Teknik Informatika Peminatan Teknologi Perangkat Lunak
4. IT Club Game Development : wadah Peminatan Akademis di bidang Pemrograman khususnya pemrograman Game
5. IT Club Hacking Security : wadah Peminatan Akademis di bidang Infrastruktur IT khususnya keamanan komputer dan jaringan
6. IT Club Robotik STT NF : wadah Peminatan Akademis di bidang Pemrograman khususnya pemrograman Robotika
7. Tahsin/Tahfidz bekerjasama dengan baitul Quran menyelenggarakan bimbingan belajar alquran (Tahsin dan Tahfidz), menggunakan metode ustmani.